Prof. Matthias Eisenberg konzertierte sehr erfolgreich als Organist und Cembalist und spielte zahlreiche Rundfunk- und CD-Produktionen ein. Konzertreisen führen ihn in viele europäische Länder, außerdem in die USA, nach Kanada, Lateinamerika, Indien, Russland und Fernost.
Seit November 2004 ist er Kantor und Organist an der Luther-, Moritz- und Johanniskirche in Zwickau.